Η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας με την υπ’ αριθμ. 660/2018 απόφασή της ακύρωσε την από 7.9.2016 απόφαση του Υπουργείου Παιδείας, με την οποία άλλαζε ο χαρακτήρας και ο τρόπος διδασκαλίας του μαθήματος των Θρησκευτικών στο δημοτικό (τάξεις Γ΄ έως ΣΤ') και το γυμνάσιο, καθώς έκρινε ότι είναι αντίθετη στο Σύνταγμα και την Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου.

Συγκεκριμένα, η Ολομέλεια του ΣτΕ έκρινε ότι η προσβαλλόμενη απόφαση είναι αντίθετη:

- στο άρθρο 16 του Συντάγματος το οποίο ορίζει ότι η παιδεία αποτελεί βασική αποστολή του κράτους και μεταξύ των σκοπών της είναι η ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης, γιατί με το πρόγραμμα σπουδών που εισάγεται για το δημοτικό και το γυμνάσιο φαλκιδεύεται ο επιβαλλόμενος από τη συνταγματική αυτή διάταξη σκοπός της ανάπτυξης, δηλαδή της ορθόδοξης χριστιανικής συνείδησης των μαθητών στα ανήκοντα στην επικρατούσα θρησκεία της Ανατολικής Ορθόδοξης Εκκλησίας του Χριστού

- στη διάταξη του άρθρου 13 του Συντάγματος που κατοχυρώνει ως απαραβίαστη την ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης, γιατί η προσβαλλόμενη απόφαση θα έπρεπε να απευθύνεται αποκλειστικά στους Ορθόδοξους Χριστιανούς μαθητές και να κατατείνει στην εμπέδωση και συνέχιση της ορθόδοξης χριστιανικής συνείδησης, καθώς η προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση κλονίζει την ορθόδοξη χριστιανική συνείδηση που πριν από την έναρξη του σχολικού βίου διαμορφώνουν οι μαθητές το πλαίσιο του οικογενειακού τους περιβάλλοντος. Μάλιστα, η εισαγόμενη με την προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών είναι ικανή να παρέμβει στον ευαίσθητο ψυχικό κόσμο των μαθητών που δεν διαθέτουν την κριτική αντίληψη των ενηλίκων και να τους εκτρέψει από την Ορθόδοξη Χριστιανική συνείδηση και

- προσβάλλει ευθέως το Πρώτο Πρόσθετο Πρωτόκολλο της ΕΣΔΑ γιατί στερεί από τους μαθητές του Ορθόδοξου Χριστιανικού Δόγματος το δικαίωμα να διδάσκονται αποκλειστικά τα δόγματα, τις ηθικές αξίες και τις παραδόσεις της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας του Χριστού, ενώ η νομοθεσία προβλέπει για μαθητές Ρωμαιοκαθολικούς, Εβραίους και Μουσουλμάνος να διδάσκονται αυτοτελώς τον εν λόγω μάθημα.

Παράλληλα στην απόφαση επισημαίνεται ότι η προβλεπόμενη διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών κατά την προσβαλλόμενη απόφαση δεν είναι ικανή να αναπτύξει, εμπεδώσει και να ενισχύσει όπως επιβάλλεται από τη διάταξη του άρθρου 16 του Συντάγματος την ορθόδοξη χριστιανική συνείδηση των μαθητών, γιατί η διάταξη αυτή:

α) είναι ελλιπής κατά περιεχόμενο, β) δεν είναι αυτοτελής, αμιγής και διακριτική σε σχέση με τη διδασκαλία στοιχείων αναφερομένων σε άλλα δόγματα ή θρησκείες με αποτέλεσμα να προκαλείται σύγχυση στους μαθητές ως προς το περιεχόμενο της ορθόδοξης χριστιανικής διδασκαλίας και γ) δεν είναι επαρκής από την άποψη του χρόνου που διατίθεται για το μάθημα των Θρησκευτικών.

Ακόμη, σύμφωνα με το ΣτΕ, το πρόγραμμα σπουδών παρουσιάζει σοβαρές ελλείψεις ως προς το περιεχόμενο της ορθόδοξης χριστιανικής διδασκαλίας, καθώς δεν γίνεται αναφορά στην Αγία Ομοούσιο και Αδιαίρετο Τριάδα την οποία επικαλούνται στην επικεφαλίδα τους όλα τα Ελληνικά Συντάγματα και στην Γ΄ τάξη του δημοτικού ο Ιησούς Χριστός παρουσιάζεται ως ξένος, ως προσδοκώμενος Μεσσίας, ως δάσκαλος που όλοι θαυμάζουν, ως αγαπημένος φίλος, όχι όμως ως Σωτήρας του κόσμου.

Στο Συμβούλιο της Επικρατείας είχαν προσφύγει η Ιερά Μητρόπολης Πειραιά, ο μητροπολίτης Πειραιώς Σεραφείμ Μεντζελόπουλος, η Εστία Πατερικών Μελετών, γονείς κ.ά. και ζητούσαν να ακυρωθεί η επίμαχη απόφαση του Υπουργείου Παιδείας με το σκεπτικό ότι αυτή πραγματοποιείται μια ριζική αλλαγή στον χαρακτήρα του μαθήματος των Θρησκευτικών κάτι που είναι αντισυνταγματικό και αντίθετο στις διεθνείς συμβάσεις και την ευρωπαϊκή και ελληνική νομοθεσία.