Οι προσφεύγοντες είναι πέντε Έλληνες υπήκοοι, γονείς και τέκνα, που κατοικούν στα μικρά νησιά της Μήλου και της Σίφνου. Σύμφωνα με το Σύνταγμα της Ελλάδας, άλλα σχετικά νομοθετικά κείμενα, όπως ο Νόμος για την Παιδεία και διάφορες υπουργικές αποφάσεις, η θρησκευτική εκπαίδευση είναι υποχρεωτική για όλους τους μαθητές της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Τον Ιούλιο του 2017 οι προσφεύγοντες ζήτησαν από το Συμβούλιο της Επικρατείας να ακυρώσει δύο πρόσφατες τότε υπουργικές αποφάσεις για τη θέσπιση του προγράμματος θρησκευτικής εκπαίδευσης για το σχολικό έτος 2017/18. Την εποχή εκείνη η τρίτη εκ των προσφευγόντων φοιτούσε στην τρίτη και τελευταία τάξη του Γενικού Γυμνασίου Μήλου, ενώ η πέμπτη εκ των προσφευγόντων φοιτούσε στην τέταρτη τάξη του δημοτικού σχολείου της Σίφνου. Οι προσφεύγοντες ζήτησαν να κριθεί η υπόθεσή τους κατά προτίμηση πριν από την έναρξη της νέας σχολικής χρονιάς, αλλά το Συμβούλιο της Επικρατείας απέρριψε την σχετική αίτησή τους λόγω έλλειψης σημασίας. Επιπλέον, η υπόθεση δεν συζητήθηκε, καθώς η συζήτησή της είχε αναβληθεί για τον Σεπτέμβριο του 2018, οπότε το σχολικό έτος είχε ήδη τελειώσει. Οι προσφεύγοντες ισχυρίστηκαν εκτενώς ότι η διαδικασία απαλλαγής από το μάθημα των θρησκευτικών είναι αντίθετη στην ΕΣΔΑ. Ειδικότερα, οι προσφεύγοντες γονείς ισχυρίστηκαν ότι αν ήθελαν να απαλλαγούν οι θυγατέρες τους από τη διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών, θα έπρεπε να δηλώσουν ότι δεν είναι Χριστιανοί Ορθόδοξοι. Επιπλέον, ισχυρίστηκαν ότι ο διευθυντής του σχολείου θα έπρεπε να ελέγξει αν οι δηλώσεις τους ήταν αληθείς και ότι αυτές οι δηλώσεις στη συνέχεια τηρούνταν στα σχολικά αρχεία. Επικαλέστηκαν δε ιδίως το άρθρο 9 της ΕΣΔΑ (ελευθερία σκέψης, συνείδησης και θρησκείας) και το άρθρο 2 του του ΠΠΠ ΕΣΔΑ (δικαίωμα στην εκπαίδευση). Οι προσφυγές κατατέθηκαν στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Δικαιωμάτων του Ανθρώπου στις 5 και 8 Ιανουαρίου 2018 αντίστοιχα. Το ΕΔΔΑ αποφάσισε να εξετάσει τις προσφυγές από την άποψη του άρθρου 2 του ΠΠΠ ΕΣΔΑ, το οποίο δίνει στους γονείς το δικαίωμα να ζητούν από το Κράτος να σέβεται τις θρησκευτικές και φιλοσοφικές πεποιθήσεις τους κατά τη διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών. Ανέγνωσε δε τη διάταξη αυτή υπό το πρίσμα του άρθρου 9 της ΕΣΔΑ, το οποίο εγγυάται στους μαθητές το δικαίωμα σε εκπαίδευση με τρόπο που σέβεται το δικαίωμά τους να πιστεύουν ή να μην πιστεύουν. Σύμφωνα με το ΕΔΔΑ το κύριο ζήτημα στην υπόθεση ήταν ότι αν οι προσφεύγοντες γονείς επιθυμούσαν να απαλλαγούν τα παιδιά τους από το μάθημα των θρησκευτικών, θα ήταν υποχρεωμένοι να καταθέσουν υπεύθυνη δήλωση με την οποία θα βεβαίωναν ότι τα παιδιά τους δεν ήταν ορθόδοξοι χριστιανοί. Ένας τέτοιος μηχανισμός απαλλαγής -ή η δυνατότητα παρακολούθησης άλλου μαθήματος στη θέση των θρησκευτικών- προβλέπεται σχεδόν σε όλα τα κράτη μέλη. Ωστόσο, κατά τη γνώμη του ΕΔΔΑ, αυτό που είχε σημασία ήταν κατά πόσον οι προϋποθέσεις απαλλαγής ή μη συμμετοχής ήταν πιθανό να επιβαρύνουν αδικαιολόγητα τους γονείς, π.χ. ζητώντας τους να αποκαλύψουν τις θρησκευτικές ή φιλοσοφικές πεποιθήσεις τους. Το ΕΔΔΑ έκρινε ότι τέτοια ήταν η κατάσταση των προσφευγόντων γονέων, οι οποίοι θα υποχρεούνταν να υποβάλουν δήλωση από την οποία θα μπορούσε να συναχθεί ότι αυτοί και τα παιδιά τους είχαν ή δεν είχαν συγκεκριμένη θρησκευτική πίστη. Πράγματι, το σημερινό σύστημα στην Ελλάδα για την απαλλαγή παιδιών από το μάθημα των θρησκευτικών δημιουργούσε τον κίνδυνο να εκτεθούν ευαίσθητες πτυχές της ιδιωτικής ζωής των προσφευγόντων. Επιπλέον, το σύστημα αυτό θα μπορούσε να τους αποτρέψει από την υποβολή ενός τέτοιου αιτήματος, δεδομένου ότι ο διευθυντής του σχολείου έπρεπε να επαληθεύσει τις πληροφορίες σχετικά με τη δήλωση και να ειδοποιήσει τον εισαγγελέα σε περίπτωση ασυμφωνίας. Η πιθανότητα σύγκρουσης ενισχύεται στην περίπτωση των προσφευγόντων οι οποίοι κατοικούν σε μικρά νησιά όπου η μεγάλη πλειοψηφία του πληθυσμού πιστεύει σε μια συγκεκριμένη θρησκεία και ο κίνδυνος στιγματισμού ήταν πολύ υψηλότερος από ό,τι στις μεγάλες πόλεις. Επιπλέον, όπως υπογράμμισαν οι προσφεύγοντες, δεν προσφέρονταν άλλα μαθήματα στους απαλλασσόμενους μαθητές, πράγμα που σημαίνει ότι θα χάνονταν διδακτικές ώρες απλά και μόνο για τις δηλωμένες πεποιθήσεις τους. Υπογραμμίζοντας ότι οι κρατικές αρχές δεν έχουν το δικαίωμα να παρεμβαίνουν στη σφαίρα της ατομικής συνείδησης, να εξακριβώνουν τη θρησκευτική πίστη των πολιτών ή να τους υποχρεώνουν να αποκαλύπτουν τις πεποιθήσεις τους, το ΕΔΔΑ έκρινε ότι υπήρξε παραβίαση του άρθρου 2 του ΠΠΠ ΕΣΔΑ , όπως αυτό ερμηνεύεται υπό το πρίσμα του άρθρου 9 της ΕΣΔΑ.

Ολόκληρο το κείμενο της απόφασης στα αγγλικά είναι διαθέσιμο εδώ.